基金会以捐赠财产为基础来设立，其分支机构主要是专项基金管理机构。
基金会的专项基金管理机构是基金会根据开展活动的需要，依据公益活动范围的划分，设立的专门从事该基金会某项业务活动的机构。
基金会代表机构是基金会在住所以外属于其活动区域内设置的代表该基金会开展活动、承办该基金会交办事项的机构。设立代表机构的地区，一般应该是基金会公益项目的主要实施地，或者是公募基金会开展募捐的主要地区。
2、基金会设立专项基金管理委员会，网上填报通过后，并提交以下材料(原件一式一份)：
(1)《基金会分支机构登记申请表》(编号：06)(应写明申请设立的理由及专项基金管理机构业务范围，拟任专项基金管理机构负责人签字，加盖拟任负责人本人所在单位人事部门印章，法定代表人签字并加盖基金会和业务主管单位印章);
(2)捐赠协议书(内容应当包括：资助或者捐赠意愿、资金数额、使用要求等);
(3)理事会会议纪要原件;
(4)《专项基金管理办法》(基金会内部制度，其内容应当包括：专项基金的宗旨和任务、基金的来源、使用方向和管理措施等)。
(5)在民政部登记的基金会的专项基金管理机构住所与基金会住所不在一地的，还需要提交设在地省级(含计划单列市)登记管理机关同意在当地设立的文件。
3、基金会设立代表机构，网上填报通过后，并提交以下材料(原件一式一份)：
(1)《基金会代表机构登记申请表》(编号：06)(应当写明申请设立的理由和代表机构业务范围，拟任代表机构负责人签字，加盖拟任负责人本人所在单位人事部门印章，基金会法定代表人签字并加盖基金会和业务主管单位印章);
(2)在民政部登记的基金会的代表机构住所与基金会住所不在一地的，还需提交设在地省级(含计划单列市)登记管理机关出具同意在当地设立的意见。
4、专项基金管理委员会、代表机构变更登记，网上填报通过后，并提交以下材料(原件一式一份)：
(1)变更名称
《基金会分支(代表)机构变更申请表》(编号：07)(按照要求签字并加盖印章)。
(2)变更住所
《基金会分支(代表)机构变更申请表》(编号：07)(按照要求签字并加盖印章)。
在民政部登记的基金会的住所与基金会住所不在一地的，还需提交设在地省级(含计划单列市)登记管理机关出具同意在当地设立的意见。
(3)变更负责人
《基金会分支(代表)机构变更申请表》(编号：07)(按照要求签字并加盖印章);
《基金会分支(代表)机构负责人备案表》(编号：07)(按照要求签字并加盖印章)。
5、分支(代表)机构注销登记，网上填报通过后，并提交以下材料(原件一式一份)：
基金会决定注销其分支机构、代表机构的，应当提交《基金会分支(代表)机构注销申请表》(编号：08)(按照要求签字并加盖印章)，
经审查同意，登记管理机关准予注销的，发给注销证明文件。基金会向登记管理机关交回《基金会分支机构登记证书》或者《基金会代表机构登记证书》及其印章。设有银行账户和组织机构代码的，还须提交银行账户和组织机构代码注销的证明文件复印件。办理注销公告。
基金会本身注销的，其所有的分支机构、代表机构自然同时注销，不需要再单独办理注销登记，其印章、证书一并交回。
